Microbiote, biodiversité et immunité : que sait-on réellement ?
Dernière mise à jour : 1 sept.
Pour revoir le documentaire : Vive les microbes ! sur ARTE
Disponibilité annoncée par ARTE jusqu’au 11 octobre 2026.
Résumé
Le documentaire Vive les microbes !, réalisé par Marie-Monique Robin, explore le rôle des microbes environnementaux dans l’éducation du système immunitaire.
Plusieurs études montrent que les enfants élevés dans certaines fermes traditionnelles présentent moins d’asthme et d’allergies. Cette protection pourrait être liée à une exposition précoce à une grande diversité de bactéries, de champignons, de végétaux et d’animaux.
Cette observation ne signifie pas que tous les microbes sont bénéfiques. Les parasites intestinaux, le lait cru et l’eau non traitée peuvent transmettre des maladies graves. L’objectif n’est donc pas d’abandonner l’hygiène, mais de distinguer l’hygiène ciblée contre les agents pathogènes de la volonté irréaliste de stériliser tout notre environnement.
Un documentaire consacré à l’hypothèse de la biodiversité
Le documentaire présente les travaux de chercheurs étudiant l’augmentation des maladies allergiques et inflammatoires dans les sociétés industrialisées.
L’une des explications proposées est l’hypothèse de la biodiversité. Selon celle-ci, la réduction des contacts avec les milieux naturels modifierait les microbiotes humain, animal et environnemental. Cette diminution des interactions microbiennes pourrait perturber la maturation du système immunitaire.
Il s’agit d’une évolution de l’ancienne « hypothèse hygiéniste ». Celle-ci ne doit pas être comprise comme une condamnation du lavage des mains, de l’assainissement, des vaccins ou de la pasteurisation.
Le problème étudié est plus précis : le mode de vie urbain moderne réduit-il l’exposition précoce à certains micro-organismes environnementaux qui participent à l’éducation immunitaire ?
L’effet protecteur de certaines fermes
Les enfants qui grandissent dans certaines exploitations agricoles traditionnelles présentent moins d’asthme, d’eczéma et de sensibilisations allergiques que les enfants vivant en milieu urbain.
L’une des études les plus connues a comparé des enfants amish et huttérites aux États-Unis. Ces populations ont une origine génétique relativement proche, mais des pratiques agricoles différentes.
Les enfants amish vivent davantage en contact avec les étables, les animaux et les poussières agricoles. Leur environnement domestique contient une charge microbienne différente. Ils présentent aussi une fréquence beaucoup plus faible d’asthme.
Les expériences menées à partir des poussières de leurs maisons suggèrent que cet environnement agit sur l’immunité innée. Il ne s’agit donc pas seulement d’une modification du microbiote intestinal, mais probablement d’une combinaison de stimulations respiratoires, cutanées et digestives.
Ces résultats soutiennent l’existence d’un « effet ferme ». Ils ne permettent pas de conclure que toute ferme est protectrice. Les pesticides, les moisissures, les poussières, les endotoxines, les zoonoses et les accidents professionnels constituent aussi des risques.
Le type d’agriculture, l’âge au moment de l’exposition et la diversité des contacts sont déterminants.
Pourquoi les premières années de vie sont-elles importantes ?
Le système immunitaire du jeune enfant est encore en développement. Il doit apprendre à distinguer :
les agents infectieux ;
les composants alimentaires ;
les microbes commensaux ;
les allergènes environnementaux ;
les cellules de l’organisme.
La naissance, le mode d’alimentation, les antibiotiques, les infections, l’environnement domestique et l’alimentation influencent progressivement le microbiote.
Cette période précoce semble particulièrement importante. Une exposition diversifiée pendant l’enfance ne peut pas nécessairement être reproduite à l’identique par une courte cure de probiotiques à l’âge adulte.
Le microbiote n’agit par ailleurs pas seul. La génétique, la pollution de l’air, l’alimentation, le tabagisme parental, les infections, l’activité physique et les conditions sociales participent également au risque allergique.
Plus de microbes ne signifie pas automatiquement une meilleure santé
Les micro-organismes ne forment pas une catégorie homogène.
Certains sont nécessaires au fonctionnement digestif ou participent à la régulation immunitaire. D’autres provoquent des infections, produisent des toxines ou deviennent dangereux chez les personnes fragiles.
L’objectif ne consiste donc pas à rechercher la plus grande exposition microbienne possible.
Une exposition favorable dépend :
des espèces microbiennes ;
de leur quantité ;
de la voie d’exposition ;
de l’âge de la personne ;
de son état immunitaire ;
du contexte environnemental.
Une forêt, un jardin diversifié et une ferme traditionnelle ne présentent pas le même environnement microbien qu’une habitation humide contaminée par des moisissures ou qu’une eau souillée par des matières fécales.
Les vers intestinaux protègent-ils des maladies inflammatoires ?
Les helminthes, ou vers parasites, sont capables de modifier la réponse immunitaire de leur hôte. Ils stimulent notamment certains mécanismes régulateurs afin de survivre dans l’organisme.
Cette immunomodulation a conduit à étudier leurs éventuels effets sur :
les maladies inflammatoires intestinales ;
la sclérose en plaques ;
certaines allergies ;
d’autres maladies auto-immunes.
Les résultats des essais humains restent cependant limités. Une revue publiée en 2024 conclut que peu de bénéfices substantiels ont été démontrés sur la rémission des maladies auto-immunes.
Les helminthes restent des parasites. Ils peuvent provoquer :
des douleurs digestives ;
une anémie ;
une dénutrition ;
des lésions intestinales ;
des atteintes pulmonaires ou hépatiques ;
un retard de croissance chez l’enfant.
Il n’est donc pas justifié de présenter leur disparition comme une cause démontrée des maladies auto-immunes ou de recommander leur réintroduction.
La recherche s’oriente plutôt vers l’identification de molécules produites par ces parasites qui pourraient, un jour, être utilisées sans administrer de vers vivants.
Le lait cru protège-t-il des allergies ?
Plusieurs études observationnelles ont trouvé une association entre la consommation de lait de ferme pendant l’enfance et une fréquence plus faible d’asthme ou d’allergies.
Cette association ne prouve pas que le lait cru soit directement responsable de la protection.
Les enfants concernés vivent également davantage au contact des animaux, des étables, des végétaux et des poussières agricoles. Leur alimentation et leur mode de vie diffèrent de ceux des enfants urbains. Dans certaines études, une partie du lait de ferme était bouillie avant consommation.
Le lait cru peut contenir des bactéries pathogènes :
Campylobacter ;
Salmonella ;
Listeria monocytogenes ;
des souches pathogènes d’Escherichia coli ;
d’autres agents zoonotiques.
L’Autorité européenne de sécurité des aliments considère que les enfants, les femmes enceintes, les personnes âgées et les personnes immunodéprimées présentent un risque accru de complications.
La consommation de lait cru ne peut donc pas être recommandée comme méthode de prévention des allergies. Les mécanismes éventuellement protecteurs du lait de ferme font l’objet de recherches afin de développer des produits sûrs, sans exposer les consommateurs aux agents infectieux.
Microbiote et pandémie de COVID-19
Le microbiote influence la réponse immunitaire aux infections. Des déséquilibres intestinaux ont été observés chez certains patients atteints de formes graves de COVID-19.
Cela ne permet pas d’expliquer les différences de mortalité entre continents.
Les nombres de cas et de décès initialement rapportés dans plusieurs pays africains ont été influencés par :
une population globalement plus jeune ;
un nombre plus faible de personnes très âgées ;
des capacités de dépistage variables ;
une sous-déclaration des cas et des décès ;
les différences de densité et de mobilité ;
les vagues épidémiques et les variants ;
l’accès aux soins ;
les maladies associées.
Une étude portant sur les données africaines a identifié l’âge de la population et la sous-déclaration comme deux facteurs majeurs.
L’hypothèse d’une protection due aux parasites intestinaux ou à une plus grande diversité microbienne reste spéculative. Elle ne peut pas servir de preuve que certaines populations étaient naturellement protégées.
Le microbiote est un champ de recherche important en infectiologie. Il ne permet pas actuellement de prédire ou de prévenir une pandémie.
Les bains de forêt et la santé
Les promenades en forêt peuvent agir favorablement sur plusieurs déterminants de santé :
activité physique ;
diminution du bruit ;
réduction du stress ;
exposition à la lumière naturelle ;
amélioration de l’humeur ;
contact avec un environnement végétal diversifié.
Certaines études sur le shinrin-yoku, ou bain de forêt, rapportent une diminution du cortisol, de la pression artérielle ou de l’anxiété. Des modifications de l’activité des cellules NK ont également été observées.
Ces travaux présentent cependant des limites : petits effectifs, protocoles variables, absence fréquente d’insu et difficulté à séparer l’effet de la forêt de celui de la marche, du repos ou de l’éloignement de la ville.
Les bénéfices psychologiques et cardiovasculaires sont plausibles. En revanche, il n’est pas démontré que les forêts émettent des « fréquences harmonieuses » capables de régénérer directement les organes ou le système immunitaire.
Comment soutenir concrètement le microbiote ?
Les mesures les mieux documentées sont relativement simples.
Diversifier l’alimentation végétale
Les fibres alimentaires nourrissent différentes populations bactériennes. Elles sont présentes dans :
les légumes ;
les fruits ;
les légumineuses ;
les céréales complètes ;
les graines ;
les fruits à coque.
La diversité des végétaux consommés est probablement plus utile qu’une recherche permanente de « superaliments ».
Consommer des aliments fermentés sûrs
Les yaourts, kéfirs, légumes lactofermentés et autres produits fermentés peuvent apporter des micro-organismes ou des métabolites microbiens.
Leur effet dépend du produit, des souches présentes et de la quantité consommée. Un aliment fermenté ne possède pas automatiquement un effet probiotique démontré.
Éviter les antibiotiques inutiles
Les antibiotiques sont indispensables lorsqu’ils sont correctement indiqués. Leur utilisation injustifiée peut cependant perturber le microbiote et favoriser l’antibiorésistance.
Conserver un contact régulier avec la nature
Jardiner, marcher en forêt, fréquenter des espaces verts et permettre aux enfants de jouer dehors favorisent l’activité physique et le contact avec une diversité environnementale.
Ces activités doivent rester compatibles avec les mesures de sécurité : lavage des mains avant les repas, protection contre les tiques et entretien correct des plaies.
Maintenir une eau microbiologiquement sûre
Une eau de qualité doit être dépourvue de micro-organismes pathogènes et de concentrations dangereuses de contaminants chimiques.
Une eau non traitée n’est pas nécessairement meilleure pour le microbiote. Elle peut transmettre des diarrhées, une giardiase, une cryptosporidiose, une hépatite A ou d’autres infections.
Il n’est pas démontré qu’une eau « dynamisée » ou « vivante » améliore la diversité du microbiote ou l’immunité.
Quelle place pour l’environnement de vie ?
Une analyse de l’environnement peut contribuer à repérer des facteurs ayant une influence réelle sur la santé :
humidité excessive ;
moisissures ;
mauvaise ventilation ;
pollution de l’air intérieur ;
produits chimiques ;
manque d’accès aux espaces verts ;
qualité insuffisante de l’eau.
Dans ce cadre, le géobiologue peut participer à une observation globale de l’habitat et orienter vers les professionnels compétents.
En revanche, les réseaux telluriques, les fréquences énergétiques ou la mesure d’un « niveau vibratoire » ne permettent pas d’évaluer la diversité microbienne ou le fonctionnement immunitaire.
L’analyse du microbiote nécessite des méthodes microbiologiques et moléculaires. L’analyse de l’air, de l’eau et des moisissures doit être confiée à des laboratoires compétents lorsque la situation le justifie.
Conclusion
Les recherches présentées dans Vive les microbes ! rappellent une idée essentielle : la santé humaine dépend aussi de la qualité biologique de notre environnement.
L’exposition précoce à certains environnements agricoles et naturels semble participer à l’éducation du système immunitaire et pourrait réduire le risque d’allergie ou d’asthme.
Cette observation ne justifie pas l’abandon des progrès de l’hygiène. Le lait cru, les parasites intestinaux et l’eau non traitée peuvent provoquer des maladies graves.
L’enjeu consiste à trouver un équilibre entre deux nécessités :
limiter l’exposition aux agents pathogènes ;
préserver le contact avec des environnements naturels diversifiés.
Une alimentation riche en fibres, l’usage raisonné des antibiotiques, l’activité extérieure, la végétalisation des lieux de vie et une eau sûre constituent des mesures crédibles. Elles permettent de renouer avec la biodiversité sans idéaliser les risques infectieux.
Références
ARTE. « Vive les microbes ! ». Documentaire de Marie-Monique Robin, 2024.
Stein M. M. et al. « Innate Immunity and Asthma Risk in Amish and Hutterite Farm Children ». New England Journal of Medicine, 2016.
Hanski I. et al. « Environmental biodiversity, human microbiota, and allergy are interrelated ». Proceedings of the National Academy of Sciences, 2012.
Paciência I. et al. « The Role of Biodiversity in the Development of Asthma and Allergies ». 2024.
Lamminpää I. et al. « Health-promoting worms? Prospects and pitfalls of helminth therapy ». BioEssays, 2024.
Autorité européenne de sécurité des aliments. « Raw drinking milk: what are the risks? ».
Thenon N. et al. « COVID-19 in Africa: Underreporting, demographic effect and mitigation strategy impact ». PLOS Neglected Tropical Diseases, 2022.
Chae Y. et al. « The Effects of Forest Therapy on Immune Function ». Systematic review, 2021.
Organisation mondiale de la santé. « Drinking-water ».
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